با راه اندازی سقیفه، که بهانه اینکه با فوت پیامبر خاندان ایشان به مکه بازگشته و مدینه از یکپارچگی خارج خواهد شد و می بایست برای زعامت مدینه نه جانشینی پیامبر تصمیم گیری شود که انصار به همین دلیل در سقیفه بنی ساعده از قبیله خزرج جمع شده و به شور پرداختند که با ورود رهبران مثلث شوم کودتا به بحث جانشینی پیامبر کشیده شده و ابوبکر کودتا را رهبری نمود.

عمر برای اینکه پیش دستی کرده باشد و ابوعبیده جراح را با خود همراه کند، در سقیفه به ابن جرّاح گفت: دستت را بگشا تا با تو بیعت کنیم. او گفت: اى عمر، از اول اسلامت ندیدم که کار خلافى انجام بدهى; آیا با وجود صدّیق (ابابکر) مى خواهى با من بیعت کنى؟! و ابوبکر این ترفند را به عمر زد که با او بیعت خواهد کرد اما با صحبتهایی که شده بود همه به ابوبکر رو آورده بودند و عمر نمی توانست خلافت را به عهده بگیرد بدین شکل او با ابوبکر بیعت کرد و ابوبکر با این سیاست توانست رقیب درون حزبی را از گردونه خارج نموده و با ترفند دوم او را عامل بسیاری از کارهای خود قرار دهد.

دومین ترفند مکارترین عرب ابوبکر این بود که وعده جانشینی را به عمر بدهد به این معنا که من تنها راه را صاف کرده و تو حکومت اصلی را بر عهده خواهی گرفت؛ عمر تصریح مى کند که ابوبکر با او پیمان بسته است تا او را جانشین خود کند; او از زبان ابوبکر مى گوید: بلکه آن کار را ادامه مى دهیم و تو تا چند روز دیگر رئیس مى شوى. من گمان کردم که در اولین نماز جمعه مرا به عنوان خلیفه معرفى خواهد کرد. اما خود را به غفلت زد و تا آخر عمرش درباره خلافتم چیزى نگفت (شرح نهج البلاغه، معتزلى، ج 2، ص 31 ـ 32; الشافى، مرتضى، ص 241 ـ 244. )

عمر بن خطاب، خودش نیز از مخالفان حکومت ابابکر بود وى تصریح مى کند; واى بر شخص بى ارزش بنى تیم که با ستمکارى بر من پیشى گرفت و مرا از آن دور کرد. به همین جهت، عمر جزء اولین گروهى که با ابابکر بیعت کردند نبود بلکه بشیربن سعد و مغیرة بن شعبه و اُسیدبن حضیر و ابوعبیدة بن جرّاح، اولین بیعت کنندگان بودند!

توافق بر سر دست به دست شدن خلافت بین ابابکر و عمر و ابن جرّاح، در بین افراد حزب قریش معروف بود; به همین جهت عایشه رنگى مذهبى به این قرار داد زد و حدیثى از زبان رسول خدا(صلى الله علیه وآله وسلم) جعل نمود وقتى از او پرسیدند که اگر رسول خدا(صلى الله علیه وآله وسلم) مى خواست کسى را جانشین کند، چه کسى را جانشین مى کرد؟ گفت: ابابکر را گفتند: پس از او چه کسى را؟ گفت: عمر را. گفتند: پس از عمر چه کسى را؟ گفت: ابوعبیدة بن جرّاح را.( سنن مسلم، بیروت، چاپ دار احیاء التراث العربى، ج 4، ص 1856، ج 5، ص 238.)

ابوبکر، در سال اول پادشاهى خود عمر را امیر حج کرد (منصبی که زمان پیامبر در اختیار امیرالمومنین بود) ولى این باعث جلوگیرى از درگیرى در آینده اى نزدیک بین ابابکر و عمر نبود، چون ابابکر وى را از ریاست حج برکنار کرد و عتاب بن اسید را در  سال دوم خلافت خود به جاى عمر گمارد. این برکنارى یکى از مهم ترین سبب هاى ترور ابابکر به شمار مى رود; زیرا عمر دریافت که این برکنارى به معناى برکنارى عمر از خلافت آینده است و این گمانى درست و صحیح بود.

عثمان روایت کرده است که ابابکر به وى گفت: «عمر، حکمران خوبى است لیکن برایش بهتر است که حکومت امت محمد(صلى الله علیه وآله وسلم) را به دست نگیرد... نمى دانم، شاید هم آن را رها کند; بالاخره اختیار با خودش است که اگر خواست حکومت شما را به دست نگیرد.» بدین سان، نصیحت ابابکر براى عمر این بود که حکومت بر مسلمانان را به دست نگیرد و در مورد جایگزینى عمر به جاى خود نیز دچار تردید و دودلى شده بود. عبدالرحمان بن ابى بکر از حکومت عمر ناخشنود بود و به همین جهت گفت: «در واقع، قریش نسبت به خلیفه شدن عمر کینه توز و خشمگین است.» از طرفى مى دانیم که عبدالرحمان مانند آینه اى براى احساسات و تمایلات قلبى پدرش بود.

ابوبکر پیش از وفات خود به صراحت نظر خود را در مورد عمر بیان کرده است: «به صلاح عمر نیست که خلیفه امت محمد(صلى الله علیه وآله وسلم)شود.» عثمان نظر ابابکر  را به درستى در مورد مخالفت او با خلیفه شدن عمر بازگو کرده است ولى نظر واقعى ابابکر در مورد خودش (عثمان) را بازگو نکرده است; پس واضح است که ابابکر، عثمان را از افرادى چون عتاب بن اسید اموى، ابن جرّاح و خالد بن ولید برتر نمى دانسته، است و این مطلب با توجه به این پیدا است که عتاب را امیر و رییس حاجیان کرد و خالد را به فرماندهى جنگ هاى مرتدّان برگزید و سرلشگر عراق نمود، و نیز ابن جرّاح را به فرماندهى سپاه عازم به شام برگزید ولى نه در زمان صلح و نه در زمان جنگ ، عثمان را هیچ گونه پست و منصبى نبخشید. این مطلب، خود باعث شد تا عثمان و عمر برسر توطئه ترور ابابکر با یکدیگر هم دست شوند تا خلافت را نیز دست به دست کنند.

خود ابوبکر نیز در زمان خلافتش گفت: واقعیت آن است که بیعت با من، شتابزده و بى تدبیرانه بود. عمربن خطاب اولین مخالفى بود که خلافت ابابکر را به طور علنى و رسمى رد کرد. آن روزى که در مورد ابابکر گفت: ستم کارانه بر من پیشى جست. چیزى که نفرت بین ابابکر و عمر را بیش تر آشکار مى کند گفتار ابوبکر پیش از وفاتش است، که حاکى از پشیمانى اوست که چرا عمر را از پایتخت اسلامى به جاى دیگرى نفرستاد; وى گفته است: من  تنها بر سه چیز تأسف مى خورم که اى کاش انجام مى دادم: ... اى کاش وقتى خالد را به شام گسیل داشتم، عمر را نیز به عراق مى فرستادم و دستم را از هر جهت در راه خدا باز مى کردم.

اگر این آرزوى ابابکر به بار نشسته بود و عمر را به عراق فرستاده بود، هیچ گاه عمر به ریاست دست نمى یافت، و همان گونه که عمر ابن جرّاح را به شام روانه کرد و از مدینه و ریاست دور کرد، عمر نیز به عراق مى رفت و از زعامت بى بهره مى ماند. و عمر، با عبدالرحمن بن ابى بکر برخوردهاى منفى داشت و بین عایشه و عثمان نیز درگیرى خونبار در گرفت تا عایشه فتوا داد: «نعثل (عثمان) را بکشید که کافر شده است».

بر اساس مدارک فراوان، مرگ ابابکر با یک کودتاى سیاسى بوده است; ابو یقظان از سلام بن ابى مطیع روایت مى کند که ابابکر مسموم شد و بالاخره در روز دوشنبه مرد. در مورد ارتباط ابابکر و عمر نیز عبدالله پسر عمر مى گوید: واقعیت آن است که ابابکر و عمر اختلاف داشتند.( شرح نهج البلاغه، ابن ابى الحدید، ج 2، ص 29.) مدارک نیز اختلاف بین عمر و ابابکر را تأیید مى کنند; عمر مى گوید: «حسودترین قریشیان، ابابکر است.»( شرح نهج البلاغه، ابن ابى الحدید، چاپ دار احیاء الکتاب العربى، ج 2، ص 29.)

ناگفته نماند که دومین بهره مند از مرگ ابابکر نیز عثمان بن عفّان اموى است که پس از عمر به خلافت رسید. این در حالى است که براساس توافقى که در سقیفه شد بنا بود ابوعبیدة بن جرّاح به عنوان سوّمین خلیفه باشد. بدین ترتیب ظاهر جریانات نشان مى دهد که بین عمر و امویان توافقى ایجاد شده است، که ابابکر را کشته و ابن جرّاح را برکنار کنند تا خلافت را بین خود (عمر و امویان) تقسیم کنند. عمر امتیازات دیگر نیز به امویان داد از جمله انتخاب عده اى دیگر از امویان به فرماندارى نظیر سعید بن عاص و ولید بن عقبة بن ابى معیط. وى هم چنین در امتیازات ام حبیبه دختر ابوسفیان افزود و سهم او را از بیت المال تا دوازده هزار درهم افزایش داد. وى جایگاه ابوسفیان و معاویه را به قدرى بالا برد که همانند مهاجرانى که در جنگ بدر شرکت کرده بودند به آن دو نفر مى بخشید و این دو را بر تمام انصار برترى داد.

بطور یقین افراد بنى امیّه در رهبرى عملیات کشتن ابى بکر شرکت داشتند; و اولین خلیفه که با زهر بنى امیه مسموم شد ابوبکر بود و در پى او نیز عبدالرحمان بن عوف، عبدالرحمان بن ابى بکر، حضرت امام حسن بن على(علیه السلام)، عبدالرحمان بن خالد بن ولید، سعدبن ابى وقاص، مالک اشتر، معاویه ثانى، عبدالله بن عمر، عمربن عبدالعزیز و ده ها تن دیگر از سرشناسان مملکت اسلامى مسموم شدند، و این کارها با توجه به سیاست معاویه انجام مى شد که مى گفت: خداوند، سپاهیانى از عسل دارد (زیرا بنى امیه زهر را در عسل مى ریختند).

به خاطر مصلحت هاى سیاسى، عمر و حزب قریش دفن پیامبر(صلى الله علیه وآله وسلم) را تا روز سه شنبه به تأخیر افکندند و برخى نیز گفته اند تا سه روز از دفن آن حضرت جلوگیرى شد!(79) ولى در مورد ابابکر مصلحت سیاسى، اقتضاى آن را داشت که عمر او را به سرعت دفن کند، و همان شبى که از دنیا رفت (شب سه شنبه) پیش از آن که مردم بیدار شوند و در مراسم دفن شرکت کنند، او را به خاک سپرد!

بدین ترتیب، حزب قریش در مورد دفن پیامبر اکرم(صلى الله علیه وآله وسلم) رفتار ناشایستى داشت، و در مورد ابابکر رفتار بدى داشت. ابوبکر، نه اولین و نه آخرین کسى بود که به دست عمر و عثمان کشته مى شد; بلکه این دو تن داراى پرونده اى پر از ترور و توطئه مى باشند. این دو نفر از کسانى هستند که در عقبه اقدام به ترور (نافرجام) حضرت پیامبر(صلى الله علیه وآله وسلم) کردند ابن سعد از شهاب زهرى بازگو مى کند: ابابکر و حارث بن کلده مشغول خوردن خزیرة (خورشتى) بودند که براى ابابکر هدیه آورده شده بود: حارث به ابابکر گفت: اى خلیفه دستت را از طعام باز بدار; به خدا سوگند سمّى یک ساله در آن است و من و تو در یک روز خواهیم مرد. ابوبکر از غذا خوردن دست کشید و هر دو بیمار ماندند تا آن که پس از تمام شدن سال، هر دو در یک روز مردند.