ماجرای احداث مسجد ضرار که در سال نهم هجری اتفاق افتاد در واقع سال فوت عبدالله ابن ابی بوده (2 ماه قبل از فوت) و بی ارتباط با او، داستان احداث این مسجد در منابع این گونه آمده است که سه طایفه از بنى عوف بنى عمربن عوف، بنى سالم بن عوف و بنى غنم بن عوف در قبا زندگى مى کردند؛ بنى عمربن عوف با ورود اسلام به مدینه از اسلام استقبال کردند و مهاجران را در خانه هایشان جا دادند و قطعه زمینى را براى ساختن مسجد هدیه کردند که به مسجد بنى عمربن عوف یا مسجد قبا شناخته شد. آنان پس از احداث مسجد، از رسول خدا خواستند با نماز خواندن در آنجا آن را افتتاح نماید، رسول گرامى اسلام نیز مسجد قبا را با نماز خواندن در آن افتتاح نمود.   پس از این جریان پسر عموهایشان از بنى سالم و بنى غنم بن عوف که با شک و تردید، مسلمان شده بودند و هنوز نفاق در دل هایشان وجود داشت،   نسبت به پسرعموهایشان در مورد مسجد قبا حسادت ورزیدند.

از این رو عده اى از منافقان این دو طایفه (بنى سالم و بنى غنم) که پانزده نفر بودند، در کنار مسجد قبا،   مسجد دیگرى ساختند تا در آنجا جمع شده براى توطئه کردن علیه مسلمین مرکز و پایگاهى داشته باشند؛ نزد پیامبر صلی‌الله علیه و آله آمدند و گفتند: به ما اجازه دهید مسجدی در میان قبیله بنی‌سالم، نزدیک مسجد قبا بسازیم تا افراد ناتوان و بیمار و پیران از کار افتاده در آن عبادات خود را انجام دهند و در شب‌های بارانی که گروهی از مردم توانایی آمدن به مسجد شما را ندارند، فریضه‌ی نماز را آن‌جا انجام دهند. پس از پایان یافتن کار احداث مسجد، نزد رسول خدا(ص) آمدند و از آن حضرت خواستند مسجدى را که بنا نموده بودند، افتتاح نماید. حضرت که درحال تجهیز سپاه براى رفتن به غزوه تبوک بود، اظهار داشت که پس از برگشتن از جنگ آن را افتتاح خواهدکرد.

همچنین گروهى دیگر از  منافقان در یک جلسه سرى، براى قتل پیامبر توطئه کردند که پس از مراجعت از جنگ تبوک (سال نهم)  در یکى از گردنه هاى سر راه به صورت ناشناس کمین کرده، شتر پیامبر صلى الله علیه  وآله وسلّم را رم دهند، و حضرت را بقتل برسانند. خداوند پیامبرش را از این نقشه  آگاه ساخت، و او دستور داد جمعى از مسلمانان مراقب باشند، و آنها را متفرق سازند،  هنگامى که پیامبر صلى الله علیه وآله وسلّم به آن عقبه (گردنه) رسید، عمار مهار  مرکب پیامبر صلى الله علیه وآله وسلّم را در دست داشت، و حذیفه از پشت سر آنرا مى  راند در این هنگام گروه منافقان که گویا صورتهاى خود را پوشیده بودند فرا رسیدند،  پیامبر صلى الله علیه وآله وسلّم به حذیفه فرمود: به صورت مرکبهاى آنها بزن و آنها را دور کن، حذیفه چنین کرد.

هنگامى که پیامبر صلى الله علیه وآله وسلّم بدون خطر از عقبه گذشت به حذیفه فرمود: آنها را نشناختى؟ عرض کرد نه، هیچ یک از آنها را نشناختم، سپس رسول خدا صلى الله علیه وآله وسلّم نام همه آنها را براى او برشمرد، حذیفه عرض کرد: حال که چنین است چرا گروهى را نمى فرستى آنها را به قتل برسانند؟ فرمود: دوست ندارم عرب بگویند هنگامى که محمد بر یارانش پیروز شد به کشتن آنها پرداخت! این شان نزول از امام باقر علیه السلام نقل شده و در کتب متعددى از حدیث و تفاسیر نیز آمده است، در شان نزول دیگرى مى خوانیم: که گروهى از منافقان هنگامى که موضع پیغمبر صلى الله علیه وآله وسلّم را در برابر دشمن در تبوک مشاهده کردند، از روى تمسخر گفتند: این مرد گمان مى کند که قصرهاى شام و دژهاى نیرومند شامیان را تسخیر خواهد کرد چنین چیزى محال است محال.

خداوند پیامبر خود را از این واقعه آگاه ساخت، و پیامبر صلى الله علیه وآله وسلّم دستور داد راه را بر این گروه ببندند، سپس آنها را صدا زد و ملامت کرد و فرمود: شما چنین و چنان گفتید، آنها عذر آوردند که ما قصد و غرضى نداشتیم، مزاح و شوخى مى کردیم و بر این موضوع سوگند یاد کردند! خداوند براى دفع خطر منافقان از پیامبر، گهگاه پرده از روى اسرار آنها برمى داشت، و آنان را به جمعیت معرفى مى کرد، تا مسلمانان به هوش باشند، و به دام آنها گرفتار نشوند، و آنها نیز متوجه موقعیت خویش شوند، و دست و پاى خود را جمع کنند، روى این جهت غالبا آنان در یک حالت ترس و وحشت به سر مى بردند، قرآن به این وضع اشاره کرده، مى گوید: منافقان مى ترسند که بر ضد آنها سوره اى نازل شود، و آنان را به آنچه در دل دارند آگاه سازد (یحذر المنافقون ان تنزل علیهم سورة تنبئهم بما فى قلوبهم، توبه ،64( ولى عجیب اینکه بر اثر شدت لجاجت و دشمنى باز هم دست از استهزاء و تمسخر نسبت به کارهاى پیامبر صلى الله علیه وآله وسلّم برنمى داشتند.

پس از بازگشت پیامبر از تبوک، آن‌ها مجدداً نزد پیامبر آمده و تقاضای خود را مبنی بر اقامه‌ی نماز در این مسجد تکرار کردند. هنوز پیامبر وارد دروازه‌های مدینه نشده بود که فرشته‌ی وحی نازل گشت و آیات 107 تا 110 سوره‌ی توبه را بر پیامبر نازل کرد و پرده از اسرار کار آن‌ها برداشت.

به دنبال این وحی آسمانی، پیامبر دستور دادند که مسلمانان مسجد ضرار را آتش بزنند و بقایای آن را نیز ویران کنند. در مجمع‌البیان آمده که رسول خدا عاصم بن عوف عجلانى و مالک بن دخشم را که از قبیله‌ی بنى عمرو بن عوف بود، فرستاد و به ایشان فرمود: به این مسجد که مردمى ظالم آن را ساخته‌اند بروید و خرابش نموده آن را آتش بزنید. در روایت دیگرى آمده که پیامبر، عمار یاسر و یکی دیگر از یاران خویش را فرستاد و آن دو آن مسجد را آتش زدند. سپس دستور داد تا جاى آن را خاکروبه‌دان نموده، کثافات محل را در آن‌جا بریزند.

شاید اینکه پیامبر( قبل از رفتن به تبوک با آنها مخالفت نکرد،‌ بدان جهت بود که وضع کار آنها روشن تر شود. و از طرفی شاید نمی‌‌خواست فضای آرام مدینه در آن اوضاع و احوال دچار تشنج شود. با توجه به آیاتی که در این باره نازل گشته، معلوم می گردد که منافقان با این عملشان، در واقع می خواستند مقدمات نابودی پیامبر اسلام و دین او را فراهم کنند، در میان صفوف مسلمانان ایجاد تفرقه کنند، و کانونی جهت فعالیتهای ضداسلامی خود فراهم کنند.

در دُرّ المنثور از ابن اسحاق روایت شده: کسانی که مسجد ضرار را ساختند، دوازده نفر بودند: خذام بن خالد بن عبید بن زید، ثعلبه بن حاطب، هلال بن امیه، معتب بن قشیر، ابوحبیبه بن ازعر، عباد بن حنیف، جاریه بن عامر و دو پسرانش مجمع و زید، نبتل بن حارث، بخدج بن عثمان و ودیعه بن ثابت.

اما این منافقان چه کسانی بودند؟ پیش از هجرت فردی به نام ابوعامر راهب: عمرو (عبد عمرو) بن صیفى‌بن نعمان‌بن مالک، معروف به ابوعامر راهب، پدرحنظله غسیل الملائکه بود که نسبت ابوعامر به «اوس» مى‌رسید و بیش‌تر محدثان، او را از بزرگان قبیله اوس دانسته‌اند؛ ولى ابن‌کثیر، وى را از سران قبیله خزرج شمرده است. وى، در جاهلیت، از حنفا به شمار مى‌آمد که موحّد و معتقد به برانگیخته شدن انسان، پس از مرگ بودند. ابوعامر که نصرانى بودنش در جاهلیت نیز گزارش شده، به رهبانیت روى آورده بود؛ لباس خشن مى‌پوشید و از دانش اهل‌کتاب نیز آگاهى داشت؛ از همین رو به «راهب» معروف بود.

 هنگامی‌که پیامبر به مدینه هجرت کرد و مسلمانان گرد او را گرفتند و در جنگ بدر بر مشرکان پیروز شدند، اقلیت‌های مذهبی در جامعه جایگاه خود را از دست دادند و ابوعامر نیز که روزی از بشارت‌دهندگان ظهور پیامبر اسلام بود، اطراف خود را خالی دید؛ از این‌رو به مبارزه با اسلام برخاست و با منافقان اوس و خزرج همکاری صمیمانه‌ای را آغاز کرد. ابوعامر، به جهت عدم پذیرش اسلام، به فرموده پیامبر، او را فاسق (کسى که از طاعت خدا و دین حنیف خارج شده) خواندند. پس از جنگ بدر، وى همراه با چندین نفر از اهل قبیله‌اش به مکه فرار کرد و مشرکان مکه را همواره به جنگ با پیامبر(صلى الله علیه وآله)تشویق مى‌کرد.ابوعامر، در غزوه احد در سپاه مشرکان حضور داشت و مى‌کوشید انصار را در این غزوه با خود همراه سازد که بى‌نتیجه ماند. این دشمنى همیشگى وى با خدا و پیامبر، مورد اشاره آیه 107 توبه/9 نیز هست.

پس از جنگ احد به سوی فرمانروای روم، "هرقل" رفت و از او برای مبارزه با پیامبر اسلام کمک خواست. از طرف دیگر به هواداران خود در مدینه نامه نوشت که به‌زودی با لشکری از سوی هرقل به سمت مدینه خواهد آمد و لازم است که منافقان مدینه کانونی را جهت فعالیت‌های آتی او در مدینه آماده کنند. هواداران او نیز چون نمی‌توانستند علناً خواسته‌ی خود را تحقق بخشند، به بهانه‌ی ساختن مسجدی برای بیماران و پیران، نیّات شوم خود را عملی ساختند. اما وحی الهی نازل شد و خیانت آن‌ها آشکار گردید. به این ترتیب پایگاه منافقان نابود شد و دیگر همکار و حامی آن‌ها، عبدالله بن اُبَی نیز دو ماه پس از جنگ تبوک درگذشت.

نقل شده که ابوعامر به پیامبر گفت: با‌هر قومى که با تو بجنگند، همراه خواهم بود. وى تا سال فتح مکه در آن‌جا به سر برد؛ هنگام فتح مکه به طایف رفت و با اسلام آوردن مردم طایف به شام عزیمت کرد و در آن‌جا، تنها و مطرود از وطن (نهم یا دهم هجرى) در «قِنَّسرین» مُرد. مرگ وى را به نفرین پیامبر(صلى الله علیه وآله) دانسته‌اند که پس از آمدن ایشان به مدینه ادعا کرد پیرو دین حنیف است و وقتى پیامبر فرمود: من بر این دینم و آن را بى‌پیرایه و پاک آورده‌ام، گفت: خداوند، دروغ‌گو را مطرود و غریب و تنها بمیراند و پیامبر با گفتن آمین فرمود: خداوند با کسى که دروغ مى‌گوید، چنین کند.